винятково важливе значення для процесів грунтоутворення мають мікроорганізми. їм належить основна роль у глибокому і повному руйнуванні органічних речовин, деяких первинних і вторинних мінералів. кожному типові грунтів, кожній грунтовій відмінності властивий свій специфічний профільний розподіл мікроорганізмів. при цьому чисельність мікроорганізмів, їх видовий склад відображають важливі властивості грунту. основна маса мікроорганізмів зосереджена у межах верхніх 20 см товщі грунту. біомаса грибів і бактерій в орному шарі грунту складає до 5 т/га.
мікроорганізми беруть активну участь у процесі гумусоутворення, який за своєю природою біохімічний. великий вплив мають мікроорганізми на склад грунтового повітря, на цикли перетворення азотовмісних сполук. одна з важливих ланок у циклах перетворення азоту – фіксація його грунтовими мікроорганізмами. загальна планетарна продуктивність мікробної фіксації азоту складає від 270 до 330 млн. т/рік, із яких 160-170 млн. т/рік дає суша, 70-160 млн. т/рік – океан. бобові культури за бульбочкових бактерій фіксують і накопичують у грунтах від 60 до 300 кг азоту на гектар у рік.
грунт є не лише місцем життя величезної кількості найрізноманітніших мікроорганізмів, а й продуктом їхньої життєдіяльності, у грунті мікроби знаходять всі умови для розвитку: вологу, поживні речовини, захист від згубної дії прямої сонячної радіації тощо. завдяки цим сприятливим умовам кількість мікробів у грунтах величезна – від 200 млн. мікробів у 1 г глинистого грунту до п'яти і більше мільярдів у 1 г чорнозему. грунт – основне джерело, звідки мікроорганізми надходять у зовнішнє середовище – повітря й воду.
мікрофлора грунту дуже різноманітна. у її складі нітрифікуючі, азотфіксуючі, денітрифікуючі бактерії, сірко- і залізобактерії, целю-лозорозкладачі, різні пігментні бактерії, мікоплазми, актиноміцети, гриби, водорості, найпростіші тощо. кількісний і якісний склад мікрофлори різних грунтів змінюється залежно від хімічного складу грунту, його фізичних властивостей, реакції середовища, вмісту в ньому повітря, вологи й поживних речовин. на склад і кількість мікробів у грунті істотно впливають кліматичні умови: пори року, методи обробітку грунту, характер рослинного покриву та багато інших факторів.
наявність в 1 г грунту (верхнього шару чорнозему) кількох мільярдів бактерій, актиноміцетів, до мільйона спор грибів і багатьох інших мікроорганізмів свідчить про велику біогенність грунту. є дані про те, що в орному шарі окультуреного грунту на площі 1 га може міститися 5-6 т мікробної маси.
серед різноманітної мікрофлори в грунті є і патогенні бактерії, проте грунт у цілому – несприятливе середовище для життя більшості патогенних бактерій, вірусів, грибів і найпростіших. у грунті водночас з мінералізацією органічних речовин відбуваються процеси бактеріального самоочищення – відмирання не характерних для грунту сапрофітних і патогенних бактерій.
значна роль мікроорганізмів і в руйнуванні та новоутворенні мінералів. вона пов'язана, в першу чергу, з мікробними циклами калію, заліза, алюмінію, фосфору та сірки. руйнування та синтез мінералів забезпечують залучення елементів у біологічний кругообіг та його взаємодію з великим геологічним кругообігом речовин.
у процесах мікробного руйнування мінералів беруть участь в основному гриби, та, в меншій мірі, актиноміцети й інші бактерії. в
